Kitcorpuz
- Come installo l'ultima versione di Gromacs??
- Come faccio a scaricare e installare Gromacs??
- Come installo Gromacs su Windows 10??
- Come posso eseguire Gromacs in Linux??
- Qual è l'ultima versione di Gromacs?
- Come posso controllare la versione di Gromacs??
- Come installo Gromacs??
- Come faccio a scaricare e installare Cmake??
- Come installo Gromacs con supporto GPU??
- Come faccio a scaricare Gromacs in Linux??
- Come si usa Gromacs?
- Come disinstallare Gromacs Linux?
Come installo l'ultima versione di Gromacs??
In alternativa, puoi scaricare e decomprimere la suite di test di regressione GROMACS https://ftp.gromacs.org/regressiontests/regressiontests-2021.2.catrame.gz tarball e utilizzare l'opzione avanzata cmake REGRESSIONTEST_PATH per specificare il percorso del tarball decompresso, che verrà quindi utilizzato per il test.
Come faccio a scaricare e installare Gromacs??
In alternativa, puoi scaricare e decomprimere la suite di test di regressione GROMACS http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-2020.catrame.gz tarball e utilizzare l'opzione avanzata cmake REGRESSIONTEST_PATH per specificare il percorso del tarball decompresso, che verrà quindi utilizzato per il test.
Come installo Gromacs su Windows 10??
Procedura
- Scarica il codice sorgente di GROMACS e decomprimilo da qualche parte.
- Esegui CMake GUI.
- Imposta la directory del codice sorgente in "Dov'è il codice sorgente" ...
- Imposta una posizione diversa per mettere il GROMACS compilato in "Dove compilare i binari" ...
- Fare clic su Configura. ...
- Configure si fermerà perché non riesce a trovare FFTW.
Come posso eseguire Gromacs in Linux??
Esegui file di input (.
Il passaggio successivo consiste nel combinare la struttura molecolare (file gro), la topologia (file top) i parametri MD (file mdp) e (opzionalmente) il file indice (ndx) per generare un file di input della corsa (estensione tpr). Questo file contiene tutte le informazioni necessarie per avviare una simulazione con GROMACS.
Qual è l'ultima versione di Gromacs?
GROMAC
| Sviluppatore/i | Università di Groningen Royal Institute of Technology Università di Uppsala |
|---|---|
| Rilascio stabile | 2021.2/5 maggio 2021 |
| Repository | gitlab.com/gromacs/gromacs.idiota |
| Scritto in | C++, C, CUDA, OpenCL, SYCL |
| Sistema operativo | Linux, macOS, Windows, qualsiasi altra varietà di Unix |
Come posso controllare la versione di Gromacs??
Basta digitare "pdb2gmx" nel terminale per conoscere tutte le informazioni richieste.
Come installo Gromacs??
In alternativa, puoi scaricare e decomprimere la suite di test di regressione GROMACS http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-5.1.4.catrame.gz tarball e utilizzare l'opzione avanzata cmake REGRESSIONTEST_PATH per specificare il percorso del tarball decompresso, che verrà quindi utilizzato per il test.
Come faccio a scaricare e installare Cmake??
II- Installazione di CMake
Scarica Windows (programma di installazione WIN32). Otterrai un file chiamato cmake-version-win32-x86.EXE. Eseguilo e segui il processo di installazione. Assicurati di selezionare Aggiungi CMake all'opzione PATH di sistema.
Come installo Gromacs con supporto GPU??
Download del toolkit CUDA
Ora seleziona l'ultima versione del toolkit CUDA in base al tuo sistema da qui. Scarica il file di esecuzione locale usando il seguente comando. Il file di esecuzione contiene tutti i componenti essenziali da installare. Passare alla directory in cui si desidera scaricare il programma di installazione.
Come faccio a scaricare Gromacs in Linux??
- Iniziare. Se hai appena installato Ubuntu, non dimenticare di aggiornare le informazioni sul repository e i pacchetti software nel tuo sistema. ...
- Installazione. Il primo passo nell'installazione di Gromacs è ottenere cmake. Nel terminale, digita: sudo apt-get install cmake. ...
- Metodo facile. ...
- Installazione regolare.
Come si usa Gromacs?
Lo strumento di configurazione iniziale GROMACS utilizza l'input PDB per creare tre file che saranno necessari per la simulazione MD.
...
Impostare
- creare un file 'topologia'.
- convertire una struttura proteica PDB in un file GRO, con la struttura centrata in un riquadro di simulazione (cella unitaria)
- creare un file di vincolo di posizione.
Come disinstallare Gromacs Linux?
Per disinstallare questo pacchetto puoi facilmente usare il comando apt e rimuovere il pacchetto dal sistema operativo Linux. Questo rimuoverà gromacs e tutti i suoi pacchetti dipendenti che non sono più necessari nel sistema. Il comando precedente rimuoverà tutti i file di configurazione e i dati associati al pacchetto gromacs.
